Шойгу НАТО-ның 2014 жылы Қырымның аннексияланып, Украина шығысындағы қақтығыс тууына байланысты өз қауіпсіздігіне алаңдаған НАТО-ның Эстония, Латвия, Литва және Польшаға қосымша батальондар орналастыру жоспарын меңзеді. Кремль НАТО-ның бұл ниетін және Шығыс Еуропада зымыраннан қорғаныс жүйесін құруды Ресейдің ұлттық қауіпсіздігіне төнген тікелей қауіп деп санайды.
Шойгу сонымен қатар Балтық флотының қолбасшысы, вице-адмиралы Виктор Кравчукты және штаб басшысы, вице-адмирал Сергей Поповты қызметтерінен "қызметте өрескел қателік жіберді" деп алынғанын хабарлады.