Бироқ, маълум бўлишича, 72-яшар Қўқоновни қамоқхона ички тартибини бузганликда айблаб, янги муддат қўшиб бериш мақсадида, унга нисбатан тергов ишлари бошланган. Самандар Қўқонов Ўзбекистон тарихида энг узоқ қамоқ муддатини ўтаётган сиёсий маҳбус ҳисобланади.
Маҳбуснинг ўғли айтишича, унинг отаси қамоқдан 6 октябрда чиқиши керак эди. «Ўша куни мен Зарафшондаги колонияга уни уйга олиб кетиш учун бордим. Лекин менга у чиқмайди, дейишди. Колония бошлиғи: «Сизнинг отангиз қамоқхона ички тартибини доимий равишда бузади, шунинг учун унга нисбатан биз 221 моддани қўлладик ва у ҳозир терговда. Унга биз янги муддат бермоқчимиз», - деб айтди, дейди Сардор Қўқонов.
Сардор Қўқоновга кўра, колония вакиллари унинг отаси иши юзасидан 17 октябрда суд мажлиси бўлган ёки бўлмаганлигини билиш учун қамоқҳона ишноч телефони номерларини беришган. Қўқоновнинг қариндошлари телефон орқали ҳеч қандай маълумот олишолмаган.
Самандар Қўқоновнинг ҳамфикрларига кўра, 80-йиллардаёқ сиёсий давраларда машҳур бўлиб улгурган тадбиркор ва депутат Қўқонов, мухолифат қаторига қўшилгани учун Президент Ислом Каримовнинг шахсий кўрсатмаси билан ҳибсга олинган.