1991-2005 жылдары Өзбекстан ІІМ басшысы қызметін атқарған Алматовтың пікірінше, ішкі істер органы қызметкерлерінің психикалық жағдайын үнемі тексеріп отыру керек. Экс-министр бұл пікірін Kun.uz басылымына берген сұхбатында айтқан. Алматов 2005 жылғы Әндіжан оқиғасынан соң журналистер сауалдарына жауап бергісі келмейді. Шенеунік дәл осы оқиғадан соң ІІМ басшысы қызметінен алынған еді.
Биыл Әндіжан оқиғасына 15 жыл толды.
Өткен аптада, 11 маусымда 32 жастағы А. Абдукаримов Әндіжандағы ауруханалардың бірінде қайтыс болды. Оны жергілікті милиция қызметкерлері тергеу абақтысында азаптаған.
"Бір жігіт ішкі істер органдары қызметкерлерінің озбыр әрекеті салдарынан қайтыс болды. Бұлар ішкі істер органының беделіне кір келтірді. Олар милицияны сатты", - деді Алматов.
2005 жылғы Әндіжан оқиғасу туралы әңгімелеген Закир Алматов сол күндері штаб басшысы болғанын, барлық шешімді өзі қабылдағанын айтты.
"Мені Әндіжан оқиғасы үшін жиі айыптайды. Сол кезде штаб басқарғаным, шешімдердің барлығын өзім қабылдағаным рас. Сонда кімдер Әндіжанға қарумен кірді? Кім шекараны қарумен кесіп өтті? Әскери бөлімге шабуыл жасап, қаруды алған кімдер? Тергеу абақтысына шабуылдап, 500 тұтқынды босатқан кімдер? Әкімшілік ғимаратын басып алып, оны өртеп жіберген кім? Сот-құқық жүйесінің жүздеген қызметкерін кепілге алып, олардың бірқатарын өлтірген кімдер? Үкімет осындай жағдайда не істеу керек еді?" - деді Алматов.
Халықаралық және жергілікті адам құқықтарын қорғаушылар Алматовты 2005 жылы 13 мамырда Әндіжанда болған қанды оқиғаға кінәлі деп есептейді.
Ресми Ташкент Әндіжандағы қанды оқиға кезінде 187 адам қаза тапты деп хабарлады. "Алла алдында ант беремін, осынша адам қаза тапты", - деді Алматов.