Мулла Муҳаммад Ҳасан Охунд ҳукумат раҳбари вазифасини бажарувчи этиб тайинланди. Шу пайтгача у радикал ҳаракат шурасини (раҳбарлар кенгаши) бошқарган. Деярли барча асосий вазирликлар Толибон вакиллари ўртасида тақсимланган.
Хусусан, Кубанинг Гуантанамодаги Америка қамоқхонасида 12 йил ҳибсда бўлган Абдулҳақ Васик разведка вазири бўлди. Толибонпараст «Ҳаққоний тармоғи» гуруҳи асосчисининг ўғли Сиражуддин Ҳаққоний (бу ташкилот АҚШ ҳукумати томонидан террорчи ташкилот деб тан олинган) Ички ишлар вазирлиги раҳбари деб эълон қилинди. Мудофаа вазири Толибон асосчиси Муҳаммад Ёқуб Мужоҳиднинг ўғли. Собиқ ташқи ишлар вазири Муҳаммад Ҳаниф Атмар иқтисодиёт вазири этиб тайинланди.
Август ойининг ўрталарида толиблар тезкор ҳужумда бутун Афғонистон ҳудудини назорат остига олиб, пойтахт ва энг йирик Кобул шаҳрини жангсиз эгаллаб олди. Шу пайтгача радикаллар мамлакат ҳукумати билан коалицион ҳукумат тузиш бўйича музокараларда қатнашган.
Ҳокимият қўлга киритилгандан сўнг, ҳаракат вакиллари уларга коалициялар керак эмаслигини ва ўзлари ҳукумат тузишларини айтишди. Афғонистон Исломий Амирлик деб эълон қилинди, дунёвий ҳукумат диний назорат остида бўлади.
Ғарб давлатлари Толибонни Афғонистоннинг қонуний ҳукумати сифатида тан олмайди. Душанба куни АҚШ президенти Жо Байденнинг айтишича, агар ҳаракат халқаро миқёсда тан олинишини хоҳласа, олдинда узоқ йўл бор, деди Озодлик радиосининг афғон хизмати.
1996 йилдан 2001 йилгача Толибон мамлакатнинг амалда етакчилари бўлган ва уни исломий амирлик деб эълон қилган. Кейин уларнинг ҳукумати фақат учта давлат — Покистон, Саудия Арабистони ва Бирлашган Араб Амирликларини расман тан олди.
Ташкилот Россиядаги террористик ташкилотлар рўйхатига киритилган ва тақиқланган. Шунга қарамай, Россия ҳукумати вакиллари у билан ҳамкорлик қилишга тайёр эканликларини билдиришади.