Легендарным нападающий душанбинского «Памира» Мухсин Мухаммадиев до июня 2012 года работал спортивным директором казанского «Рубина», одного из лидеров российской премьер-лиги. В 2013 году он возглавил тренерский состав национальной сборной Таджикистана, однако в июле 2015 года подал в отставку. Данное решение он принял после неудачного старта сборной в отборочном раунде чемпионата мира 2018 года.
В составе душанбинского «Памира» Мухаммадиев сыграл 125 игр. В 1988 году он, наряду с Александром Никитиным, нападающим из волгоградского «Ротора», был признан лучшим бомбардиром первой лиги. В 1989-1991 гг в составе «Памира» играл в высшей лиге советского футбола и забил 22 гола.
После распада СССР, играл за команды России, Турции, Австрии и Узбекистана, последние несколько лет - на тренерской работе. Имеет европейскую тренерскую лицензию категории «Pro» УЕФА.