Имя Ганихона Маматхонова было внесено международными и местными правозащитными организациями в список политзаключенных Узбекистана. Правозащитник из Ферганы был арестован 10 октября 2009 года. Чуть позже он был признан виновным в совершении преступлений, предусмотренных статьями 168 («Мошенничество») и 211 («Дача взятки»), и приговорен к шести годам лишения свободы.
Позже Ферганский областной апелляционный суд сократил этот срок до 4 лет и пяти месяцев с отбыванием наказания в колонии-поселении, а в апреле 2010 года Маматхонов снова был переведен из колонии-поселения в тюрьму.
А 3 августа 2016 года Кызылтепинский районный суд по уголовным делам продлил еще на 2 года срок заключения Ганихона Маматхонова. Против правозащитника было выдвинуто обвинение по 221 статье («Неповиновение законным требованиям администрации учреждения по исполнению наказания») УК Узбекистана. В 2014 году власти уже продлевали именно по этой статье срок заключения Маматхонова, тогда к его тюремному сроку добавили 2,3 года.
Все эти годы коллеги Маматхонова и международные правозащитные организации заявляли о невиновности правозащитника и утверждали, что он был наказан за свою профессиональную деятельность.