Қорабоев соли 2006 бо айби тамаъҷӯӣ боздошт ва ибтидо 5,5 сол зиндонӣ, аммо баъдан ҳукми вай ду маротиба тамдид шуд. Муҳаммадалӣ Қорабоев 18 октябр аз зиндони шаҳри Навоӣ озод шуд.
Қорабоевро дар асоси кафолатномаи созмони ҳомии ҳуқуқи инсони "Эзгулик" озод кардаанд. Василия Иноятова, раиси созмони мазкур мегӯяд, нисбати вай моддаи "Кафолати созмони ҷамъиятӣ ё коллективӣ" амалӣ шудааст.
"Парвандаи ман сохта буд. Дар зиндон маро дар иҷро накардани талаботи маъмурият айбдор дониста, ҳукмамро тамдид карданд. Дар асл, ин модда нисбати фаъолони сиёсӣ ва динӣ қабул мешавад. Дар ибтидо маро 5,5 сол зиндонӣ карданд, вале ман 11 солу 2 моҳро дар зиндон пушти сар кардам", - мегӯяд Қорабоев.