В августе 2018 года Жунусову заочно предъявлено обвинение по статье «Злоупотребление должностным положением». 28 августа 2018 года Первомайским районным судом Бишкека ему заочно избрана мера пресечения в виде заключения под стражу.
По версии следствия, с 2013 по 2016 годы в должности главы ГТС Жунусов организовал коррупционную связь с представителями ОсОО «А.» и другими должностными лицами ГТС. Он помогал компании в неверной идентификации товара, из-за чего компания получила таможенные преференции. По закону ее товары должны были оформляться на общих основаниях.
Ущерб государству оценивается в 166 млн сомов (2,3 млн долларов) в виде не поступивших в бюджет обязательных таможенных платежей.
4 декабря Жунусова задержали в международном аэропорту имени Гейдара Алиева в Баку. По данным ГСБЭП, он прибыл рейсом из Нью-Йорка (США). Судебные органы Азербайджана выдали санкцию на его арест и экстрадицию.